O tratamento de esgoto é um processo que tem como objetivo a retirada dos poluentes da água descartada a fim de fazer com que ela volte limpa para os rios e mares sem causar danos ao meio ambiente e aos seres humanos. Para esse serviço tão importante, a Ambiental Serra utiliza diversas tecnologias nas 21 Estações de Tratamento de Esgoto (ETEs) existentes para garantir os melhores resultados, e desde o início da operação, em 2015, investe cada vez mais, seja para fazer manutenções assim como construir novas estruturas e adquirir equipamentos. Nos últimos anos, todas as principais ETEs da empresa receberam investimento e melhoria.
E todo esse cuidado e modernidade trazem resultados. Desde o início da parceria público-privada com a Cesan, a Ambiental Serra sempre cumpriu com os índices mensais definidos no contrato voltados para a qualidade de tratamento do esgoto. Todos os sistemas usados pela empresa garantem eficiência na remoção da DBO, demanda biológica de oxigênio, e atendem aos padrões previstos pela Resolução do Conselho Nacional do Meio Ambiente (Conama) n º 430/2011 e pelas licenças e outorgas vigentes das ETEs.
Para medir a eficiência, A Ambiental Serra faz periodicamente análises laboratoriais terceirizadas de todas as etapas do tratamento de esgoto e também monitora os córregos e rios, que recebem a água tratada. Para controle interno, são feitas várias análises no laboratório Operacional da ETE de Manguinhos, que foi modernizada em 2020 e recebeu investimentos na ordem dos R$11 milhões.